AE文件和PR文件是两种不同的文件格式，AE文件是Adobe After Effects的工程文件，PR文件是Adobe Premiere Pro的工程文件。虽然这两个软件都是Adobe公司的产品，但是它们的功能和用途是不同的。

AE是一款专业的视频特效制作软件，主要用于制作各种视觉效果、动画和合成等。AE的工程文件保存的是各种素材和特效的设置信息，可以在AE中进行编辑和修改。

PR是一款专业的视频编辑软件，主要用于视频的剪辑、调色和音频处理等。PR的工程文件保存的是视频素材、音频素材和编辑信息等，可以在PR中进行编辑和修改。

虽然AE和PR是两个不同的软件，但是它们之间是可以相互配合使用的。在AE中制作好的特效和动画可以导入到PR中进行编辑和剪辑，而在PR中剪辑好的视频素材也可以导入到AE中进行特效制作和合成。

因此，如果你想要编辑AE文件，最好的方法是使用AE软件进行编辑和修改。如果需要将AE文件导入到PR中进行编辑和剪辑，可以将AE文件导出为视频格式，然后在PR中导入进行编辑。