在南通市，拍摄菜品的收费是由拍摄者和客户协商决定的。一般来说，收费会根据以下几个方面进行考虑：

1. 拍摄时间：拍摄菜品的时间长短会直接影响收费。如果拍摄时间较长，费用也会相应增加。

2. 拍摄地点：如果需要在餐厅或者其他场地进行拍摄，可能会需要支付场地使用费或者租赁费用。

3. 拍摄人员：如果需要多名摄影师或者其他工作人员参与拍摄，费用也会相应增加。

4. 后期制作：对于菜品拍摄来说，后期制作也是非常重要的一部分。如果需要对照片进行修图或者其他处理，费用也会相应增加。

5. 版权问题：如果客户需要拍摄的照片用于商业用途，可能需要支付版权费用。

总的来说，南通市拍摄菜品的收费是比较灵活的，需要根据具体情况进行协商。建议客户在选择拍摄者时，应该了解其拍摄经验和作品质量，以确保所支付的费用能够得到相应的回报。同时，在拍摄前应该和拍摄者明确拍摄内容、时间、地点等细节问题，以避免后期出现纠纷。